Au cours des près de cinq années écoulées depuis l’apparition du COVID, vous seriez pardonné si vous avez perdu la trace du nombre de nouveaux variants que nous avons vus. Certains ont eu un impact plus important que d’autres, mais les virologues en ont documenté des milliers.
La dernière variante à faire la une des journaux s’appelle XEC. Cette sous-variante omicron a été signalée principalement dans l’hémisphère nord, mais elle a également été détectée en Australie.
Alors que savons-nous de XEC ?
Le COVID est-il toujours d’actualité ?
Les gens testent désormais moins le COVID et le signalent moins. L’enthousiasme pour traquer le virus est généralement en déclin.
Néanmoins, l’Australie continue de collecter et de communiquer des données sur le COVID. Même si le nombre de cas est probablement beaucoup plus élevé que le nombre documenté (environ 275 000 jusqu’à présent cette année), nous pouvons encore avoir une idée du moment où nous observons des vagues importantes, par rapport aux périodes de moindre activité.
L’Australie a connu son dernier pic de COVID en juin 2024. Depuis lors, les cas sont en baisse.
Mais le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID, est définitivement toujours là.
Quelles variantes circulent actuellement ?
Les principales variantes de COVID qui circulent actuellement dans le monde sont BA.2.86, JN.1, KP.2, KP.3 et XEC. Ce sont tous des descendants d’omicron.
Le variant XEC a été détecté pour la première fois en Italie en mai 2024. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a désigné comme variant « sous surveillance » en septembre.
Depuis sa détection, XEC s’est répandu dans plus de 27 pays en Europe, en Amérique du Nord et en Asie. À la mi-septembre, le plus grand nombre de cas ont été identifiés dans des pays comme les États-Unis, l’Allemagne, la France, le Royaume-Uni et le Danemark.
XEC représente actuellement environ 20 % des cas en Allemagne, 12 % au Royaume-Uni et environ 6 % aux États-Unis.
Bien que XEC reste une variante minoritaire à l’échelle mondiale, elle semble avoir un avantage en termes de croissance par rapport aux autres variantes en circulation. Nous ne savons pas encore pourquoi, mais les rapports suggèrent qu’il pourrait se propager plus facilement que d’autres variantes.
Pour cette raison, on prévoit que XEC pourrait devenir la variante dominante dans le monde dans les mois à venir.
Et en Australie ?
Le rapport australien de surveillance respiratoire le plus récent indique qu’une proportion croissante de XEC a été séquencée récemment.
En Australie, 329 séquences du SRAS-CoV-2 collectées du 26 août au 22 septembre ont été téléchargées sur AusTrakk, la plateforme nationale australienne de surveillance génomique du COVID.
La majorité des séquences (301 sur 329, soit 91,5 %) étaient des sous-lignées de JN.1, notamment KP.2 (17 sur 301) et KP.3 (236 sur 301). Les 8,5 % restants (28 sur 329) étaient des recombinants constitués d’une ou plusieurs sous-lignées d’omicrons, dont XEC.
Les estimations basées sur les données du GISAID, un référentiel international de séquences virales, suggèrent que XEC représente environ 5 % des cas en Australie, soit 16 des 314 échantillons séquencés.
Le Queensland a signalé les taux les plus élevés au cours des 30 derniers jours (8 %, soit huit séquences sur 96), suivi de l’Australie du Sud (5 %, soit cinq sur 93), de Victoria (5 %, soit une sur 20) et de la Nouvelle-Galles du Sud. (3%, soit deux sur 71). WA n’a enregistré aucune séquence sur 34. Aucune donnée n’était disponible pour les autres États et territoires.
Que savons-nous de XEC ? Qu’est-ce qu’un recombiné ?
On pense que la variante XEC est un descendant recombinant de deux sous-variantes omicrons précédemment identifiées, KS.1.1 et KP.3.3. Les variantes recombinantes se forment lorsque deux variantes différentes infectent un hôte en même temps, ce qui permet aux virus de permuter les informations génétiques. Cela conduit à l’émergence d’une nouvelle variante présentant des caractéristiques des deux lignées « parentales ».
KS.1.1 fait partie du groupe communément appelé variantes « FLiRT », tandis que KP.3.3 est l’une des variantes « FLuQE ». Ces deux groupes de variantes ont contribué aux récentes augmentations des infections au COVID dans le monde.
Les conventions de dénomination de l’OMS pour les nouvelles variantes du COVID utilisent souvent une combinaison de lettres pour désigner les nouvelles variantes, en particulier celles qui résultent d’événements de recombinaison entre des lignées existantes. Le « X » indique généralement une variante recombinante (comme avec XBB, par exemple), tandis que les lettres qui le suivent identifient des lignées spécifiques.
Jusqu’à présent, nous savons très peu de choses sur les caractéristiques spécifiques du XEC et sur la manière dont il diffère des autres variantes. Mais rien ne prouve que les symptômes seront plus graves qu’avec les versions antérieures du virus.
Ce que nous savons, c’est quelles mutations présente cette variante. Dans le gène S qui code pour la protéine Spike, nous pouvons trouver une mutation T22N (héritée de KS.1.1) ainsi que Q493E (de KP.3.3) et d’autres mutations connues de la lignée omicron.
Les vaccins seront-ils toujours efficaces contre XEC ?
Les données de surveillance les plus récentes ne montrent aucune augmentation significative des hospitalisations liées au COVID. Cela suggère que les vaccins actuels offrent toujours une protection efficace contre les conséquences graves des variantes en circulation.
À mesure que le virus continue de muter, les fabricants de vaccins continueront de mettre à jour leurs vaccins. Pfizer et Moderna ont mis à jour leurs vaccins pour cibler la variante JN.1, qui est une souche mère des variantes FLiRT et devrait donc protéger contre XEC.
Cependant, l’Australie attend toujours de savoir quels vaccins pourraient être mis à la disposition du public et quand.
En attendant, les vaccins à base d’omicrons tels que l’actuel XBB.1.5 Spikevax (Moderna) ou COMIRNATY (Pfizer) sont encore susceptibles d’offrir une bonne protection contre le XEC.
Il est difficile de prédire comment XEC se comportera en Australie à l’approche de l’été. Nous aurons besoin de recherches supplémentaires pour mieux comprendre cette variante à mesure qu’elle se propage. Mais étant donné que le XEC a été détecté pour la première fois en Europe pendant les mois d’été de l’hémisphère nord, cela suggère que le XEC pourrait être bien adapté à sa propagation par temps plus chaud.