Une collaboration entre des chercheurs des États brésiliens de São Paulo et Ceará et des collègues affiliés à l’Université de Hong Kong (HKU) en Chine a entraîné la découverte d’un nouveau coronavirus dans les chauves-souris, le premier en Amérique du Sud étroitement lié au virus qui provoque un coronavirus au Moyen-Orient (MER-CoV).
Un article décrivant la découverte est publié dans le Journal of Medical Virology (JMV).
« En ce moment, nous ne sommes pas sûrs qu’il puisse infecter les humains, mais nous avons détecté des parties de la protéine de pointes du virus (qui se lie aux cellules de mammifères pour commencer une infection) suggérant une interaction potentielle avec le récepteur utilisé par MERS-CoV. Pour en savoir plus, nous prévoyons de mener des expériences dans Hong Kong au cours de l’année en cours », a déclaré Bruna Stefanie Silvério, premier auteur de l’article.
Les chercheurs ont identifié sept coronavirus dans 5 des 16 écouvillons oraux et rectaux à partir de chauves-souris recueillies par le Central Health Laboratory (Lacen) de Ceará à Fortaleza, la capitale de l’État. L’article met en évidence la diversité génétique importante des coronavirus en question. Les cinq chauves-souris appartenaient à deux espèces différentes (Molossus molossus, un insectivore, et Artibeus lituratus, un frugivore).
Dans une étude antérieure des groupes de Lacen Fortaleza et UniFesp, des variantes de virus de la rage étroitement liées aux variantes présentes dans les ouistits ont été trouvées dans les chauves-souris.
« Les chauves-souris sont des réservoirs viraux importants et devraient donc être soumis à une surveillance épidémiologique continue. Cette surveillance aide à identifier les virus et les risques de transmission en circulation à d’autres animaux, et même aux humains », a déclaré Ricardo Durães-Carvalho, dernier auteur de l’article, un professeur de l’EPM-Unifsp et de Silvrério, Additionor de Thesis Advisor.
Durães-Carvalho est chercheur principal du projet « Bats: surveillance épidémiologique, phylodynynamique à haute résolution, recherche et conception de peptides d’intérêt biotechnologique pour les virus émergents et réémergents. »
Médaillon
Le coronavirus MERS a été identifié pour la première fois en 2012 en Arabie saoudite. Au total, 27 pays ont signalé des cas depuis 2012, entraînant 858 décès connus en raison de l’infection et des complications connexes.
Dans les virus qu’ils ont trouvés, les chercheurs brésiliens ont identifié une séquence génétique avec une similitude de 71,9% avec le génome MERS-CoV. Le gène qui a codé la protéine de pointe présentait 71,74% de similitude avec la protéine de pointe de MERS-CoV, qui a été isolé de l’homme en Arabie saoudite en 2015.
Pour savoir s’il peut se lier aux cellules humaines, des expériences devront être menées dans des laboratoires de haute biosécurité. Ces essais devraient avoir lieu à HKU en 2025.
Même chauve-souris, virus différent
Un article précédent publié dans JMV Par le même groupe de chercheurs, a signalé la détection d’un gemykibivirus-2 associé à l’homme dans l’une des chauves-souris de M. molossus analysées à Lacen Fortaleza.
Selon les auteurs, il était très similaire à un gemykibivirus identifié dans des échantillons de liquide céphalo-rachidien humain. Le même virus a également été identifié dans des échantillons de banques de sang.
Des recherches antérieures ont détecté le gemykibivirus chez les patients atteints de VIH, la septicémie d’origine inconnue, la péricardite récurrente et les cas inexpliqués de diarrhée et d’encéphalite. C’est la première fois que le virus est identifié dans les chauves-souris.
La découverte du virus a nécessité le développement de nouvelles amorces (courtes molécules d’ARN simple brin utilisées en génomique pour initier la synthèse de l’ADN). Dans ce cas, les amorces étaient basées spécifiquement sur la séquence génétique du gemykibivirus détecté chez l’homme.
« Un manque de séquences virales disponibles à partir de bases de données nous a empêchés d’analyser ces virus plus en profondeur. En même temps, le fait que nous avons identifié des agents viraux aussi peu connus fait de nos résultats une base pour les enquêtes futures », a déclaré Silvério.
Durães-Carvalho est d’accord. « Nos études montrent l’importance de rendre ce type d’analyse plus systématique, optimisée et intégrée, avec plusieurs secteurs participant et générant des données sur des plateformes unifiées qui peuvent être utilisées par les systèmes de santé pour surveiller et même prévenir les épidémies et les pandémies », a-t-il déclaré.
