Une nouvelle étude montre que des tests génétiques pourraient être utilisés pour déterminer quels médicaments fonctionneront ou non chez les patients atteints de Candida auris (C. auris), une levure multirésistante qui provoque une maladie potentiellement mortelle. Ces résultats pourraient améliorer le traitement des infections à C. auris en permettant aux patients de commencer plus tôt à prendre des agents antifongiques efficaces.
L’étude paraît dans un numéro spécial du Chimie clinique revue intitulée « Génomique : tendances actuelles et émergentes dans le laboratoire clinique ».
Depuis que C. auris a été identifié en 2009, ce champignon pathogène s’est répandu dans le monde entier, provoquant de graves maladies chez les patients des établissements de santé. Non seulement elle est mortelle, avec un taux de mortalité estimé entre 30 et 60 %, mais elle est également particulièrement difficile à traiter. L’une des principales raisons à cela est qu’il existe de nombreuses souches différentes de C. auris, chacune possédant un profil génétique différent qui confère une résistance à différents médicaments antifongiques.
Les laboratoires cliniques utilisent actuellement des tests de sensibilité pour déterminer à quels médicaments une souche spécifique de C. auris est résistante. Cela implique de cultiver un échantillon de C. auris d’un patient en présence de différents agents antifongiques et d’attendre de voir quel médicament tue le champignon. Cependant, il peut être difficile d’interpréter les résultats des tests de sensibilité de C. auris car les points d’arrêt des concentrations minimales inhibitrices, c’est-à-dire les concentrations les plus faibles de différents médicaments antifongiques qui arrêteront sa croissance, n’ont pas été entièrement établis.
Au total, cela signifie que les professionnels de la santé pourraient perdre un temps précieux à essayer de déterminer quel médicament antifongique éliminera l’infection d’un patient – et ce temps pourrait faire la différence entre la vie et la mort.
Afin d’améliorer les tests de résistance aux médicaments de C. auris, une équipe de chercheurs dirigée par le Dr Marie C. Smithgall du centre médical Irving de l’Université Columbia à New York a examiné les gènes de résistance aux antifongiques dans des échantillons de C. auris isolés de 66 patients à l’institut des chercheurs.
Les échantillons ont subi deux types de tests génétiques – le séquençage du génome entier (WGS) et le séquençage de Sanger – qui ont été utilisés pour identifier l’empreinte génétique de chaque échantillon. Les échantillons ont également été soumis à des tests de sensibilité traditionnels et ont été cultivés en présence de sept médicaments antifongiques majeurs.
En comparant les résultats des tests génomiques et de sensibilité, les chercheurs ont confirmé qu’un certain nombre de mutations différentes du gène FKS1 de C. auris provoquent une résistance aux échinocandines, qui constituent la classe de médicaments antifongiques qui servent actuellement de traitement de première intention pour les infections invasives à C. auris. . Plus précisément, les chercheurs ont montré que :
- Les mutations Ser639Tyr FKS1 et Arg135Ser sont associées à la résistance aux médicaments antifongiques micafungine et anidulafungine.
- La mutation Met690Ile est associée à une résistance à la caspofungine.
Cela démontre que le séquençage génomique peut identifier les médicaments auxquels une souche de C. auris peut résister et peut servir d’alternative aux tests de sensibilité.
« Avec une résistance potentielle aux trois principales classes de médicaments antifongiques, C. auris constitue une menace émergente pour la santé publique. La détection précoce de la résistance à l’échinocandine par des méthodes moléculaires pourrait avoir un impact sur le traitement pour inclure de nouveaux agents antifongiques », a déclaré Smithgall. « Dans l’ensemble, le WGS constitue un outil puissant de surveillance moléculaire pour aider à surveiller, détecter et freiner la propagation de C. auris. »
Fourni par l’Association pour le diagnostic et la médecine de laboratoire (ADLM (anciennement AACC))
