Le virus de la grippe aviaire A(H5N1), qui s’est propagé au bétail et a infecté 14 personnes cette année, a été détecté grâce au séquençage du virome dans les eaux usées de 10 villes du Texas par des chercheurs de l’UTHealth Houston et du Baylor College of Medicine. Le virome est l’ensemble des virus présents dans un échantillon, dans ce cas un échantillon d’eaux usées.
L’information a été publiée dans le Journal de médecine de la Nouvelle-Angleterre.
Jusqu’en mars 2024, le virus H5N1 n’avait pas été détecté dans les 1 337 échantillons d’eaux usées analysés par l’équipe. Mais du 4 mars au 15 juillet (fin de la collecte de données pour cet article), le virus H5N1 a été détecté dans 10 des 10 villes, 22 des 23 sites et 100 des 399 échantillons.
Cependant, l’abondance du virus H5N1 dans les échantillons d’eaux usées collectés au fil du temps n’était pas corrélée aux hospitalisations liées à la grippe au cours de la même période, de sorte que le risque pour le public était extrêmement faible.
UTHealth Houston et Baylor ont mis en place le programme de test des eaux usées dans le cadre du Texas Epidemic Public Health Institute (TEPHI).
Le protocole de séquençage utilisé par l’équipe permet de détecter des changements génétiques qui pourraient indiquer une adaptation du virus aux mammifères, voire aux humains. L’absence de charge clinique chez l’homme et d’informations génomiques suggère que la source de la charge virale trouvée dans les eaux usées au cours de cette période était d’origine animale. Mais une surveillance continue est essentielle pour surveiller toute adaptation évolutive qui indiquerait la possibilité d’une transmission du virus aux humains, ont conclu les chercheurs.
L’équipe détecte les virus dans les eaux usées en utilisant un ensemble de sondes virales ciblant des milliers d’espèces ou de variantes virales. Depuis mai 2022, TEPHI a détecté plus de 400 virus humains et animaux, dont plusieurs (SARS-CoV-2, grippe et mpox) ont été corrélés à des données de cas cliniques dans la population.
