Pour la première fois, des scientifiques ont suivi la dispersion du virus Oropouche dans la région amazonienne brésilienne, une première étape importante pour contrôler les futures épidémies d’une maladie avec plus de 100 000 cas signalés depuis les années 1960.
Les chercheurs ont suivi une nouvelle variante génétique du virus et ont montré qu’elle se propageait par le mouvement d’insectes vecteurs et d’humains, selon l’étude intitulée « Éclosions humaines d’un nouveau virus réassortant Oropouche dans la région amazonienne brésilienne », publiée Le 18 septembre à Médecine naturelle.
« Jusqu’à récemment, le virus était principalement confiné autour du fleuve Amazone », a déclaré Ana Bento, professeur adjoint au Département de santé publique et écosystémique de la Faculté de médecine vétérinaire et co-auteur de l’article. « En 2023-2024, nous avons commencé à voir l’agent pathogène se propager dans d’autres régions du Brésil. Nous avons également commencé à constater une plus grande ampleur de cas, de quelques centaines à quelques milliers. »
Le virus Oropouche est principalement transmis par les moucherons, et potentiellement par les moustiques, qui infectent les vertébrés, notamment les paresseux, les singes, les rongeurs et les oiseaux. Les humains ne font pas nécessairement partie du cycle de vie du virus, mais des retombées occasionnelles de la faune sauvage sur les humains peuvent déclencher des épidémies. Avec plus de 6 000 cas enregistrés au cours de la seule saison 2023-2024, l’épidémie actuelle est la plus importante enregistrée au XXIe siècle.
Les personnes infectées par le virus présentent de la fièvre, des maux de tête sévères, des douleurs musculaires et articulaires, 4 % des patients développant des symptômes neurologiques sévères, similaires à ceux de la dengue, du Zika et du chikungunya. En raison de cette similitude, les infections à Oropouche sont souvent mal diagnostiquées et, selon Bento, le nombre de cas d’Oropouche a probablement été historiquement sous-estimé.
Les patients sont généralement d’abord testés pour la dengue. « Quand ils étaient négatifs, ils ont été testés pour d’autres virus, et nous avons constaté que beaucoup d’entre eux étaient des cas d’Oropouche », a expliqué Bento.
Avec un nombre accru de cas d’Oropouche et une propagation géographique plus large, les chercheurs soupçonnaient que quelque chose était différent avec le virus cette saison. Parmi les 6 000 cas positifs confirmés, les chercheurs ont séquencé le matériel génétique de 382 virus. Ils ont découvert que ces cas étaient porteurs d’une variante du virus qui n’avait jamais été observée auparavant.
Dans cette étude, les scientifiques n’ont pas établi si le nouveau réarrangement génétique du matériel génétique du virus est associé à sa capacité à disperser ou à infecter ses hôtes. Cependant, sa signature génétique unique a permis aux auteurs de l’étude de suivre la propagation du nouveau variant.
Ils ont découvert que le virus présentait deux types de dispersion : une dispersion sur de courtes distances, compatible avec la portée de vol des moucherons, et une dispersion sur de plus longues distances, attribuée aux mouvements humains. Les personnes infectées voyagent et sont piquées par des moucherons et des moustiques à leur prochaine destination, transmettant ainsi l’infection à de nouveaux insectes, et éventuellement aux populations humaines de ces nouvelles régions.
Depuis début 2024, des dizaines de cas de transmission locale du virus Oropouche ont été enregistrés au Brésil en dehors des États amazoniens, soulignant le risque d’une propagation virale plus large.
« C’est une tendance inquiétante que ces maladies soient de plus en plus répandues », a déclaré Bento. Elle s’inquiète également du fait que, dans le contexte du changement climatique et des environnements plus chauds, « ces vecteurs et agents pathogènes auront de nouveaux environnements pour survivre et envahir, comme les États du Sud des États-Unis ».
Depuis 2024, quelques dizaines de cas de virus Oropouche ont été enregistrés hors du Brésil, y compris des cas apportés par des voyageurs en Europe et aux États-Unis.
« Le but de cette étude était de documenter le changement génétique et la vitesse de propagation », a déclaré Bento. « C’est la première d’une longue série d’études à venir. »
Pour les études épidémiologiques, a-t-elle déclaré, les modèles mathématiques devront intégrer les trois facteurs – virus, vecteur et hôte – pour bien comprendre la dispersion du virus. C’est ainsi que les chercheurs disposeront d’une stratégie de lutte anti-vectorielle plus ciblée et commenceront à rechercher des cas plus tôt, a déclaré Bento.
« Nous avons également besoin de davantage de campagnes spécifiques à Oropouche », a-t-elle déclaré. « Nous devons comprendre le véritable fardeau de la maladie. »