Les chercheurs ont développé un outil puissant qui peut détecter les variantes de SARS-COV-2 avec un potentiel de transmission élevé avant de se répand. Cette approche pourrait soutenir considérablement les efforts de santé publique pour contrôler les épidémies et aider à identifier de nouvelles variantes qui nécessitent une surveillance plus étroite.
En analysant des millions de séquences du génome viral du monde entier, une équipe de scientifiques, dirigée par le Peter Doherty Institute pour l’infection et l’immunité (Doherty Institute) et l’Université de Pittsburgh, ont découvert les mutations spécifiques qui donnent à SARS-CoV-2 un » Turbo boost « dans sa capacité à se propager.
« Parmi des milliers de mutations SARS-COV-2, nous avons identifié un petit nombre qui augmente la capacité de la virus à se propager », a déclaré le professeur Matthew McKay, chef de laboratoire au Doherty Institute et futur boursier au Département de génie électrique et électronique à l’Université de Melbourne, et co-dirigeant l’auteur de l’étude publiée dans Communications de la nature.
Beaucoup de ces mutations clés se trouvent dans la protéine de pointe, ce qui aide le virus à entrer dans les cellules humaines et est la cible des anticorps. Mais l’équipe a également trouvé des mutations importantes dans d’autres parties moins étudiées du virus qui améliorent sa capacité à se lier aux cellules humaines, à échapper au système immunitaire ou à modifier la structure des protéines.
« Notre approche est mathématiquement simple mais très efficace », a ajouté le professeur McKay. « Contrairement aux techniques précédentes, notre modèle exploite les données de surveillance génomique pour identifier les mutations exactes entraînant la propagation de certaines variantes, même lorsqu’elles apparaissent dans une petite fraction des cas. »
Bien que ce nouveau modèle se concentre exclusivement sur le SARS-COV-2, les chercheurs pensent qu’il peut être adapté pour étudier la transmission d’autres agents pathogènes, tels que la grippe.
« Il s’agit de l’un des premiers outils pratiques pour quantifier systématiquement comment les mutations individuelles ont un impact sur la transmission virale à l’échelle mondiale », a déclaré le professeur agrégé John Barton de l’Université de Pittsburgh, co-dirigeant l’auteur de l’étude.
«Notre méthode est comme une loupe pour l’évolution virale, aidant les systèmes de santé publique à repérer et à surveiller les variantes hautement transmissibles avant de se répand.
« Non seulement nous pouvons suivre le SARS-COV-2 plus efficacement, mais notre méthode peut également être adaptée pour étudier l’évolution d’autres agents pathogènes, nous aidant à rester en avance sur les futures épidémies. C’est un outil puissant pour les efforts mondiaux pour lutter contre les maladies émergentes. »