Historiquement, la plupart des infections à MPOX humaines ont résulté de la transmission zoonotique – provenant d’animaux aux humains – et ces retombées ont rarement conduit à la transmission humaine à l’humain. Mais pendant l’épidémie mondiale de 2022, MPOX a commencé à se propager facilement entre les gens. Une nouvelle étude montre maintenant que le virus circulait bien avant.
Publié dans Nature on May 19, 2025, the study notes that mpox was being transmitted among humans in Nigeria for eight years before sparking the international outbreak in 2022. Using genomic tracing, the researchers estimate that the virus’s ancestor first emerged in southern Nigeria in August 2014 and spread to 11 states before human infections were detected in 2017. The findings highlight the need for improved global surveillance and medicines, given the threat of impending pandémies.
« Nous aurions pu empêcher très facilement l’épidémie de plusieurs pays en 2022 si les pays d’Afrique avaient un meilleur accès aux thérapies, aux vaccins et aux technologies de surveillance », explique Ethy Parker, collaborateur professionnel dans le laboratoire Kristian Andersen chez Scripps Research et l’un des premiers auteurs de l’article. « Dans un monde vulnérablement connecté, nous ne pouvons pas négliger les épidémies jusqu’à ce qu’ils soient exportés vers le Nord mondial. »
Parce que le virus impliqué dans l’épidémie de 2022 avait un nombre inattendu de mutations génétiques, les scientifiques pensaient que MPOX pourrait circuler au Nigéria depuis bien plus longtemps que prévu. Cependant, en raison d’un manque de données génomiques, il n’était pas clair quand et où le virus avait d’abord émergé, et ce qui avait motivé son émergence.
Pour résoudre ce problème, l’auteur principal de l’étude, Christian Happi, directeur de l’Institut de génomique et de la santé mondiale de l’Université Redeemer au Nigéria, a organisé un consortium panafricain pour partager et générer des données génomiques MPOX. Le consortium a impliqué des chercheurs et des agences de santé publique en Afrique occidentale et centrale, avec le soutien de collaborateurs internationaux, notamment Scripps Research. En regroupant des échantillons et des méthodes de laboratoire, le groupe a généré un ensemble de données génomique qui est environ trois fois plus grand que n’importe quel jeu de données MPOX précédent.
Au total, l’équipe a analysé 118 génomes viraux des cas de MPOX humains qui se sont produits au Nigéria et au Cameroun entre 2018 et 2023. Toutes les séquences ont été identifiées comme clade IIB – la souche MPOX endémique en Afrique de l’Ouest. En comparant les séquences des génomes, les chercheurs ont créé quelque chose appelé un arbre phylogénétique, qui estime à quel point les différents virus sont liés et à quel point ils ont évolué récemment.
Ils ont constaté que la plupart des échantillons viraux du Nigéria étaient le résultat de la transmission humaine à l’human (105/109), tandis que les quatre autres étaient causés par des retombées zoonotiques. En revanche, les neuf échantillons de MPOX du Cameroun ont été dérivés d’événements isolés de retombées zoonotiques.
« MPOX n’est plus seulement un virus zoonotique au Nigéria; c’est vraiment un virus humain », explique Parker. « Mais le fait qu’il y ait une transmission zoonotique continue signifie qu’il existe également un risque continu de réémergence. »
En utilisant l’arbre phylogénétique, l’équipe a estimé que l’ancêtre du virus MPOX transmettant l’homme est apparu chez les animaux en novembre 2013 et est entré pour la première fois dans la population humaine dans le sud du Nigéria en août 2014. Ils ont également montré que le sud du Nigéria était la principale source de cas de transmission humaine qui se produisait dans le sud du pays.
L’équipe a également montré que deux des échantillons viraux transmis par zoonotiquement du sud du Nigéria étaient liés aux virus camerounais, suggérant que les virus traversent la frontière.
« Il y a probablement beaucoup plus de mouvements viraux bidirectionnels entre ces pays, mais nous n’avons tout simplement pas l’échantillonnage de la faune pour le détecter », explique Parker. « Notre étude met en évidence la nécessité d’une meilleure surveillance de la faune, ainsi qu’une meilleure surveillance dans les populations humaines qui s’interfacent avec les animaux dans cette région frontalière boisée. »
Dans l’ensemble, l’étude montre l’importance d’un meilleur accès aux diagnostics, aux vaccins et aux thérapies en Afrique, selon les chercheurs.
« Les inégalités mondiales de la santé entravent vraiment notre capacité à contrôler la transmission humaine zoonotique et soutenue », explique Parker. « Nous ne pouvons pas continuer à négliger soit les épidémies humaines en Afrique, soit le risque de réémergence – il ne fait pas seulement perpétuer la souffrance dans ces régions, cela signifie qu’il y aura inévitablement une autre pandémie. »
