En 2017, un vol de Miami à Berlin a pris une tournure surprenante lorsque les passagers ont découvert un rat à bord. Après l’atterrissage, il a été capturé et remis au Friedrich-Looffler-Institut (FLI). Là, il était non seulement considéré comme une nuisance, mais aussi comme une opportunité de l’examiner comme un éventuel porteur d’agents pathogènes.
Bien que les chercheurs, y compris des scientifiques du Centre allemand de recherche sur les infections (DZIF) et du réseau « des agents pathogènes à l’origine des rongeurs (Naüpa-Net) », ne trouvaient que quelques agents pathogènes zoonotiques et non zoonotiques, l’incident a mis en évidence la facilité avec les agents pathogènes.
Les rats, en particulier l’espèce Rattus rattus (noir, navire ou rat de toit) et Rattus norvegicus (rat brun), sont parmi les autres voyageurs les plus réussis de l’histoire humaine. Depuis des siècles, ils voyagent sur des navires, des trains et des camions, se propageant à travers le monde. Avec des millions de vols chaque année, leurs chances de traverser les continents à mesure que des « clandestines » non invitées augmentent également.
Les rats peuvent transmettre des agents pathogènes zoonotiques dangereux tels que le leptospira interrogans (leptospirose), Streptobacillus moniliformis (fièvre-bite de rat), l’orthohantavirus de séoul et le virus de l’hépatite E du rat. Ces infections peuvent provoquer une maladie grave chez l’homme.
Dans ce cas, le rat a été observé par les passagers sur le vol de Miami à Berlin, mais pourrait être dans l’avion depuis que l’avion de passagers est parti de Dubaï. « Les rats sont de vrais globe-trotters. Partout où les gens voyagent ou transportent des marchandises, les rats peuvent suivre – et apporter leurs microbes avec eux », explique le professeur Rainer Ulrich, scientifique DZIF à FLI et auteur principal de l’étude qui a été récemment publié dans la revue Rapports scientifiques.
Résultats d’un dépistage complet des agents pathogènes
Le rat a été disséqué dans les laboratoires à haut contactions du FLI, et des échantillons de divers tissus et échantillons de sang ont été examinés au FLI et par de nombreux partenaires de réseau. Une stratégie de dépistage multicouche a été utilisée, comprenant des cultures et une caractérisation bactériennes, un séquençage à haut débit et des méthodes spécifiques telles que la PCR, la RT-PCR et la sérologie multiplex. Cette approche « Tous les outils sur le pont » a entraîné un flux de travail complet qui peut servir de modèle à des cas similaires dans le transport aérien et maritime à l’avenir.
Les résultats étaient à la fois rassurants et éclairés. Aucun des agents pathogènes à l’origine du rat les plus redoutés, tels que les hantavirus, les bactéries de leptospira ou le virus de l’hépatite E de rat, n’a été trouvé. Cela implique que le risque d’infection pour les passagers et l’équipage pendant le vol était très faible. Cependant, la détection d’une souche de Staphylococcus aureus (MSSA) sensible à la méthicilline dans le nez et les intestins du rat était quelque peu préoccupante.
Le séquençage du génome entier a révélé que la tension était presque identique à celles trouvées chez l’homme en Europe et en Amérique du Nord. Cette souche transportait des gènes immunitaires spécifiques à l’homme, suggérant qu’il s’était adapté aux humains avant de se retrouver dans le rat. Sa présence implique une transmission récente des personnes aux rats et potentiellement l’inverse.
« La partie surprenante n’était pas ce que nous n’avons pas trouvé, mais ce que nous avons trouvé: une souche Staphylococcus aureus qui est presque identique aux variantes humaines.
De plus, de nombreux autres genres bactériens et fongiques ont été découverts, notamment des commensaux principalement inoffensifs tels que les bactéries intestinales des genres lactobacilles ou ligilactobacilles, ainsi que des agents pathogènes opportunistes tels que Enterobacter Cloacae et Klebsiella aerogenes. L’équipe a également identifié quatre nouveaux segments de génome viral de la famille Picobirnaviridae à petite tâche.
Propagation mondiale, risques invisibles
L’étude indique clairement que le risque réside non seulement dans les agents pathogènes qui ont été trouvés, mais aussi dans ce qui pourrait être trouvé dans les cas futurs. Alors que les rats voyageaient du continent au continent principalement par le navire, aujourd’hui, grâce aux voyages en avion mondiaux, ils peuvent voyager de Dubaï à Berlin via Miami en moins de 24 heures, transportant potentiellement des virus sur trois continents en un seul voyage.
« Nos résultats démontrent que les rats ne sont pas seulement les ravageurs urbains. Ils doivent être considérés comme des acteurs actifs dans le réseau mondial de propagation pathogène », souligne le professeur Ulrich.
De l’incident à la préparation
L’étude fournit le premier plan pour traiter avec les animaux découverts à bord d’un avion. Les recommandations clés des auteurs comprennent la capture et le confinement immédiat des animaux interrompus, conformément aux réglementations de l’OMS et de l’IATA, ainsi qu’un flux de travail de laboratoire standardisé pour un dépistage complet des agents pathogènes. En cas d’urgence – comme une constatation de hantavirus – le traçage des contacts, la désinfection et d’autres mesures pourraient ensuite être initiés immédiatement.
Dans l’avant: les rats comme un seul indicateur de santé
Les chercheurs considèrent les rats comme des indicateurs importants de la santé des écosystèmes à l’avenir. Le plan est de retracer l’origine de ces animaux par analyse génétique. Dans ce cas, l’analyse de l’ADN mitochondrial a montré que le rat appartenait à une ligne globale de rats noirs. Cependant, il ne restait pas clair s’il était monté à bord de Miami ou de Dubaï.
« Ce fut un réveil », explique le professeur Ulrich. « Cela a montré à quel point notre monde interconnecté est vulnérable à la propagation des agents pathogènes cachés. Mais cela a également montré que la science peut fournir des solutions pratiques. »
