Une augmentation soudaine des cas de Chikungunya a été signalée dans la ville de Foshan en Chine, passant de 478 cas à près de 3 000 cas d’ici une semaine, selon le South China Morning Post.
La France a signalé plus de 53 000 cas dans ses territoires à l’étranger cette année, reflétant une tendance à l’épidémie plus large. La semaine dernière, les responsables italiens ont signalé deux décès à la suite de 32 cas de virus du Nil occidental, une autre maladie à l’origine des moustiques. La dynamique de transmission est compliquée par la capacité des moustiques à transporter plusieurs virus simultanément.
Pour les infections complexes qui peuvent impliquer plusieurs virus et agents pathogènes, la technologie de séquençage de nouvelle génération (MNG) métagénomique est une approche plus complète. Il offre des rapports approfondis pour une détection rapide et précise. BGI Genomics PMSEQ, en utilisant la technologie MNGS, soutient les efforts mondiaux dans le diagnostic de cas infectieux complexes et les tailleurs de traitement efficace.
Expansion rapide de la menace mondiale
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment mis en garde contre les épidémies de chikungunya, avec des cas répartis des îles de l’océan Indien à plusieurs nations africaines comme Madagascar, la Somalie et le Kenya.
« Comme il y a 20 ans, le virus se propage maintenant davantage dans d’autres pays », a déclaré le Dr Diana Rojas Alvarez, qui mène sur les arbovirus, dans un avertissement qui souligne la résurgence cyclique du virus.
Parmi les plus durs, il y a le territoire français à l’étranger de la Réunion, où plus de 53 000 cas ont été confirmés cette année. L’île, qui abrite moins d’un million de personnes, a connu environ les deux tiers de sa population infectée en un an, les hôpitaux enregistrant près de 600 admissions et 28 décès.
La Chine est également confrontée à son épidémie la plus importante de Chikungunya depuis que le virus y est apparu il y a près de deux décennies. Dans la seule province du Guangdong, environ 4 800 cas ont été signalés en seulement un mois – 3 000 d’entre eux se sont concentrés en une seule semaine explosive.
Cas importés à acquis localement
La transmission du virus de Chikungunya se produit dans un cycle de transmission humain-mosquito-humain. Ce modèle de transmission, à la fois des cas importés et acquis localement, complique la stratégie de confinement.
Des cas importés se produisent lorsque les individus contractent le virus lors de ses déplacements dans des régions endémiques et tombent plus tard mal à la maison. Les vecteurs de moustiques domestiques peuvent faciliter les infections acquises localement et répartir le virus localement une fois qu’il est arrivé.
Pour lutter contre les maladies transmises par les moustiques au niveau de la communauté, les résidents devraient régulièrement éliminer l’eau stagnante et dégager des débris pour détruire les terrains de reproduction, tout en utilisant des mesures de protection personnelle et domestique pour prévenir les piqûres.
Quiconque présente des symptômes comme la fièvre, les éruptions cutanées ou les douleurs articulaires doit consulter immédiatement des soins médicaux et signaler ses antécédents de voyage et toute piqûre de moustiques aux prestataires de soins de santé. La détection précoce permet une intervention en temps opportun avant que les symptômes ne progressent vers des stades graves.
Origine infectieuse génomique Origine infectieuse
Les symptômes de Chikungunya – des douleurs articulaires et de la fatigue – sont notoirement similaires à celles causées par d’autres virus à transmission des moustiques comme la dengue et le zika. Ce chevauchement clinique rend difficile le diagnostic en temps opportun, en particulier dans les zones où plusieurs arbovirus circulent simultanément.
Pour relever ce défi, de nombreuses régions utilisent désormais des kits de test de réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) inversés, qui sont efficaces pour détecter les génomes viraux connus avec une spécificité élevée. Il identifie le matériel génétique du virus avec une sensibilité et une spécificité élevées. Ces tests de PCR fonctionnent mieux dans les 8 premiers jours d’infection, lorsque l’ARN viral est toujours présent dans le sang. RT-PCR fournit des résultats rapides et précis en ciblant des génomes viraux spécifiques.
Pour une couverture plus large des agents pathogènes, la technologie ciblée de séquençage de nouvelle génération (TNGS) offre une capacité de détection plus large, ainsi qu’une sensibilité élevée et une spécificité élevée. Il permet aux cliniciens de localiser des infections connues et de détecter des centaines d’agents pathogènes inattendus dans la bibliothèque cible.
Les co-infections complexes avec des agents pathogènes peu clairs nécessitent des tests plus complets. Le séquençage de la métagénomique BGI Genomics PMSEQ PATHOGE Metagénomics, soutenu par la technologie de séquençage de nouvelle génération métagénomique, peut fournir des rapports complets et approfondis pour une détection rapide et précise des infections difficiles et critiques à détecter.
La technologie MNGS fonctionne en extraitant tous les acides nucléiques des échantillons cliniques, en effectuant un séquençage à haut débit et en comparant les séquences résultantes avec une base de données de pathogènes spécialisée. Le PMSEQ détecte plus de 36 000 agents pathogènes tels que les bactéries, les champignons, les virus, les parasites, etc., améliorant considérablement le taux positif de détection des agents pathogènes.
Outils génétiques pour la prévention des maladies
Au-delà du diagnostic, les scientifiques explorent des solutions génomiques pour arrêter les maladies transmises par les moustiques à leur source. Une équipe de chercheurs a récemment fait la une des journaux après avoir peaufiné le génome des moustiques porteurs de paludisme. Ils ont perturbé la capacité du parasite à terminer son cycle de vie en modifiant un seul acide aminé, ce qui rend les moustiques modifiés largement incapables de transmettre le paludisme. Publié dans Nature Fin juillet, l’étude a démontré comment l’édition génétique, et en particulier les entraînements de gènes, pourrait révolutionner le contrôle des maladies.
Les disques de gènes fonctionnent en biaisant l’héritage génétique. Au lieu des 50% de chances de transmettre un gène, le trait modifié est hérité par presque toutes les progénières. Bien que le chikungunya diffère du paludisme dans sa nature virale, l’approche d’édition génétique peut être prometteuse pour d’autres maladies transmises par les moustiques.
La lutte contre Chikungunya et d’autres maladies transmises par les moustiques nécessite une approche intégrée. Il nécessite une surveillance étroite, des diagnostics rapides, des stratégies de traitement ciblées et des technologies génétiques prospectives. À mesure que les épidémies se développent dans le monde, la détection précoce et le diagnostic précis seront essentiels aux menaces infectieuses dans ce monde en évolution rapide.
Fourni par BGI Genomics
