{"id":935,"date":"2024-09-29T09:00:12","date_gmt":"2024-09-29T07:00:12","guid":{"rendered":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/relation-a-distance-dans-les-biobanques-exploitees-pour-identifier-les-maladies-genetiques-non-diagnostiquees\/"},"modified":"2024-09-29T09:00:15","modified_gmt":"2024-09-29T07:00:15","slug":"relation-a-distance-dans-les-biobanques-exploitees-pour-identifier-les-maladies-genetiques-non-diagnostiquees","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/relation-a-distance-dans-les-biobanques-exploitees-pour-identifier-les-maladies-genetiques-non-diagnostiquees\/","title":{"rendered":"Relation \u00e0 distance dans les biobanques exploit\u00e9es pour identifier les maladies g\u00e9n\u00e9tiques non diagnostiqu\u00e9es"},"content":{"rendered":"<div>\n<div class=\"article-gallery lightGallery\">\n<div data-thumb=\"https:\/\/scx1.b-cdn.net\/csz\/news\/tmb\/2024\/distant-relatedness-in-1.jpg\" data-src=\"https:\/\/scx2.b-cdn.net\/gfx\/news\/hires\/2024\/distant-relatedness-in-1.jpg\" data-sub-html=\"This tool identifies groups of people who share an IBD segment spanning a specific genomic region (in this study, the gene KCNE1). A DRIVE first selects the pairwise IBD segments spanning the target gene\/variant among clinic samples and biobank subjects. B DRIVE uses a random walk approach to cluster subjects who share the same haplotype. C DRIVE repeats the clustering steps for large and sparse clusters. D The inverse of the IBD segment lengths is used to represent genetic distance in a phylogenetic dendrogram. Sequence data can be integrated with the dendrogram to infer where in the family history of the genomic region the mutation event occurred (red star). Credit: &lt;i&gt;Nature Communications&lt;\/i&gt; (2024). DOI: 10.1038\/s41467-024-51977-4\">\n<figure class=\"article-img\">\n<\/figure><\/div>\n<\/div>\n<p>Une analyse innovante de segments partag\u00e9s au sein du g\u00e9nome \u2013 une indication d&rsquo;une \u00ab parent\u00e9 \u00bb lointaine \u2013 a identifi\u00e9 des cas non diagnostiqu\u00e9s de syndrome du QT long, une maladie rare qui peut entra\u00eener des rythmes cardiaques anormaux, des \u00e9vanouissements et une mort cardiaque subite.<\/p>\n<p>Les r\u00e9sultats, rapport\u00e9s dans la revue <i>Communications naturelles<\/i>illustrent la faisabilit\u00e9 de la nouvelle approche d\u00e9velopp\u00e9e par des chercheurs du centre m\u00e9dical de l&rsquo;universit\u00e9 Vanderbilt pour d\u00e9tecter les porteurs non diagnostiqu\u00e9s de variantes g\u00e9n\u00e9tiques responsables de maladies rares.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Les maladies g\u00e9n\u00e9tiques rares sont g\u00e9n\u00e9ralement \u00e9tudi\u00e9es dans des populations de r\u00e9f\u00e9rence &#8211; des personnes qui ont \u00e9t\u00e9 orient\u00e9es vers des cliniques sp\u00e9cialis\u00e9es pour \u00e9valuation &#8211; mais cette approche surestime souvent le v\u00e9ritable impact sur la population, qui serait mieux \u00e9valu\u00e9 dans de grandes populations non r\u00e9f\u00e9renc\u00e9es, telles que les biobanques\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Jennifer (Piper) Below, Ph.D., professeur de m\u00e9decine \u00e0 la Division de m\u00e9decine g\u00e9n\u00e9tique et auteur correspondant principal de la nouvelle \u00e9tude.<\/p>\n<p>\u00c9tant donn\u00e9 que la plupart des biobanques recrutent des participants dans la m\u00eame r\u00e9gion, il existe souvent des liens de parent\u00e9 non document\u00e9s importants entre les participants, ce qui entra\u00eene des segments g\u00e9nomiques partag\u00e9s en raison d&rsquo;une ascendance commune &#8211; des segments \u00ab\u00a0identiques par descendance\u00a0\u00bb, expliqu\u00e9 ci-dessous.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Les segments identiques par descendance nous donnent l&rsquo;opportunit\u00e9 de regrouper des personnes apparent\u00e9es pour trouver des variantes rares pr\u00e9sentes chez un anc\u00eatre commun\u00a0\u00bb, a-t-elle d\u00e9clar\u00e9.<\/p>\n<p>Pour ce faire, les chercheurs ont d\u00e9velopp\u00e9 une m\u00e9thode d\u2019inf\u00e9rence g\u00e9n\u00e9tique appel\u00e9e DRIVE (Distant Relatedness for Identification and Variant Evaluation). Les \u00e9tudes ont \u00e9t\u00e9 dirig\u00e9es par les co-premiers auteurs Megan Lancaster, MD, Ph.D., boursi\u00e8re clinicienne \u00e0 la Division de m\u00e9decine cardiovasculaire, et Hung-Hsin Chen, Ph.D., boursi\u00e8re postdoctorale \u00e0 la Division de g\u00e9n\u00e9tique. M\u00e9decine. Dan Roden, MD, Sam L. Clark, MD, Ph.D. Pr\u00e9sident et vice-pr\u00e9sident principal pour la m\u00e9decine personnalis\u00e9e, est co-auteur principal.<\/p>\n<p>Pour tester DRIVE, les chercheurs se sont concentr\u00e9s sur une variante rare du g\u00e8ne KCNE1 responsable du syndrome du QT long de type 5 (LQT5). Le g\u00e8ne KCNE1 code pour une prot\u00e9ine qui modifie les courants potassiques.<\/p>\n<p>Un consortium international de 26 centres avait identifi\u00e9 89 probands (individus affect\u00e9s qui sont les premiers sujets d&rsquo;une \u00e9tude g\u00e9n\u00e9tique) avec un possible LQT5, 140 parents porteurs suppl\u00e9mentaires et 19 cas d&rsquo;un autre syndrome attribu\u00e9 \u00e0 des variantes de KCNE1.<\/p>\n<p>Sur 35 candidats pr\u00e9sentant la variante KCNE1 la plus courante (p.Asp76Asn), neuf (26 %) ont \u00e9t\u00e9 \u00e9valu\u00e9s par la clinique d&rsquo;arythmie g\u00e9n\u00e9tique du VUMC. Aucun des proposants n&rsquo;\u00e9tait connu comme \u00e9tant apparent\u00e9. Trois proches des proposants se sont \u00e9galement r\u00e9v\u00e9l\u00e9s porteurs de la variante.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Cet enrichissement d&rsquo;une variante rare au VUMC par rapport \u00e0 d&rsquo;autres centres du consortium sugg\u00e8re que ces candidats locaux pourraient \u00eatre \u00e9loign\u00e9s et que nous pourrions utiliser cette parent\u00e9 pour identifier des porteurs suppl\u00e9mentaires dans BioVU\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Below. BioVU est la biobanque d&rsquo;ADN de VUMC li\u00e9e aux dossiers de sant\u00e9 \u00e9lectroniques anonymis\u00e9s.<\/p>\n<p>L\u2019\u00e9quipe a d\u2019abord estim\u00e9 la parent\u00e9 \u00e0 l\u2019\u00e9chelle du g\u00e9nome des 12 porteurs de p.Asp76Asn cliniquement identifi\u00e9s et construit les pedigrees de la lign\u00e9e. Ils ont trouv\u00e9 une parent\u00e9 du huiti\u00e8me au neuvi\u00e8me degr\u00e9 parmi ces pedigrees (pour r\u00e9f\u00e9rence, les cousins \u200b\u200bau quatri\u00e8me degr\u00e9 &#8211; arri\u00e8re-petits-enfants des cousins \u200b\u200bgermains &#8211; sont des parents au neuvi\u00e8me degr\u00e9), confortant l&rsquo;hypoth\u00e8se d&rsquo;un anc\u00eatre commun local avec la variante p.Asp76Asn.<\/p>\n<p>Ensuite, les chercheurs ont identifi\u00e9 des r\u00e9gions g\u00e9nomiques partag\u00e9es couvrant le g\u00e8ne KCNE1 et ont appliqu\u00e9 DRIVE \u00e0 69\u00a0819 sujets BioVU. Ils ont identifi\u00e9 22 sujets BioVU avec la r\u00e9gion partag\u00e9e, confirm\u00e9 la variante p.Asp76Asn par s\u00e9quen\u00e7age de l&rsquo;ADN et \u00e9valu\u00e9 les \u00e9lectrocardiogrammes et les dossiers m\u00e9dicaux pour d\u00e9tecter les caract\u00e9ristiques de LQT5.<\/p>\n<p>Les porteurs de r\u00e9f\u00e9rence et non de r\u00e9f\u00e9rence de la variante ont un intervalle QT prolong\u00e9 par rapport aux t\u00e9moins.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Dans cette \u00e9tude, nous avons utilis\u00e9 DRIVE pour identifier rapidement 22 porteurs d&rsquo;une variante de g\u00e8ne pathog\u00e8ne pr\u00e9c\u00e9demment d\u00e9crite\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Below. \u00ab\u00a0DRIVE pourrait \u00e9galement \u00eatre utilis\u00e9 pour identifier des variantes g\u00e9n\u00e9tiques causales inconnues, en regroupant des individus avec des segments identiques par descendance et en \u00e9valuant l&rsquo;enrichissement de la maladie au sein des groupes.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Nous sommes enthousiasm\u00e9s par le potentiel de DRIVE pour identifier les cas non diagnostiqu\u00e9s de maladies g\u00e9n\u00e9tiques.\u00a0\u00bb<\/p>\n<p>                                        <!-- print only --><\/p><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Une analyse innovante de segments partag\u00e9s au sein du g\u00e9nome \u2013 une indication d&rsquo;une \u00ab<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":936,"comment_status":"closed","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[86],"tags":[1201,44,1203,1200,1202,675,719,49,404,8,1199],"class_list":["post-935","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-les-maladies","tag-biobanques","tag-dans","tag-diagnostiquees","tag-distance","tag-exploitees","tag-genetiques","tag-identifier","tag-les","tag-maladies","tag-pour","tag-relation","generate-columns","tablet-grid-50","mobile-grid-100","grid-parent","grid-50","resize-featured-image"],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v23.4 - 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