{"id":8043,"date":"2025-07-19T06:55:49","date_gmt":"2025-07-19T04:55:49","guid":{"rendered":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/detection-basee-sur-les-donnees-des-variantes-de-sars-cov-2-des-mois-a-lavance\/"},"modified":"2025-07-19T06:55:53","modified_gmt":"2025-07-19T04:55:53","slug":"detection-basee-sur-les-donnees-des-variantes-de-sars-cov-2-des-mois-a-lavance","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/detection-basee-sur-les-donnees-des-variantes-de-sars-cov-2-des-mois-a-lavance\/","title":{"rendered":"D\u00e9tection bas\u00e9e sur les donn\u00e9es des variantes de SARS-COV-2 des mois \u00e0 l&rsquo;avance"},"content":{"rendered":"<div>\n<div class=\"article-gallery lightGallery\">\n<div data-thumb=\"https:\/\/scx1.b-cdn.net\/csz\/news\/tmb\/2025\/data-driven-detection.jpg\" data-src=\"https:\/\/scx2.b-cdn.net\/gfx\/news\/hires\/2025\/data-driven-detection.jpg\" data-sub-html=\"Continuous viral genome analytics provided by the CoVerage platform (sarscoverage.org). Credit: &lt;i&gt;Nature Communications&lt;\/i&gt; (2025). DOI: 10.1038\/s41467-025-60231-4\">\n<figure class=\"article-img\">\n<\/figure><\/div>\n<\/div>\n<p>Depuis le d\u00e9but de la pand\u00e9mie SARS-COV-2, plusieurs variantes du virus se sont transform\u00e9es en variantes de pr\u00e9occupation (COV), telles que class\u00e9es par l&rsquo;Organisation mondiale de la sant\u00e9 (OMS). Les COV sont des variantes de virus qui sont pr\u00e9dites ou connues pour provoquer de grandes vagues d&rsquo;infections en raison de leurs caract\u00e9ristiques ph\u00e9notypiques alt\u00e9r\u00e9es et du risque de modification de la gravit\u00e9 de la maladie, de r\u00e9duction de l&rsquo;efficacit\u00e9 des vaccins ou de la charge accrue des syst\u00e8mes de sant\u00e9.<\/p>\n<p>La plate-forme Web de couverture pour la surveillance g\u00e9nomique du virus SARS-COV-2 permet une identification et une caract\u00e9risation rapides et de calcul des variantes potentielles d&rsquo;int\u00e9r\u00eat (PVOI), avec un d\u00e9lai de pr\u00e8s de pr\u00e8s de trois mois avant leur d\u00e9signation de l&rsquo;OMS en tant que VOC ou en tant que variantes li\u00e9es et pr\u00e9dire leur capacit\u00e9 \u00e0 \u00e9chapper \u00e0 l&rsquo;immunit\u00e9 existante acquise par des vaccinations ou des infections ant\u00e9rieures.<\/p>\n<p>Des chercheurs dirig\u00e9s par Alice McHardy l&rsquo;ont d\u00e9montr\u00e9 avec succ\u00e8s dans une analyse compl\u00e8te publi\u00e9e dans <i>Communications de la nature<\/i>. La d\u00e9tection pr\u00e9coce des COV est particuli\u00e8rement importante pour le d\u00e9veloppement des vaccins afin d&rsquo;assurer la protection contre les vaccins contre les nouveaux variantes de virus.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Nous avons d\u00e9velopp\u00e9 une nouvelle m\u00e9thode d&rsquo;analyse pour la couverture qui devrait aider \u00e0 rendre les changements antig\u00e9niques dans les variantes de virus plus visibles\u00a0\u00bb, explique McHardy. Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, une matrice bas\u00e9e sur des observations du d\u00e9veloppement \u00e0 long terme de certains virus de la grippe (grippe A H3N2) est utilis\u00e9e. Cette matrice relie des changements importants dans le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique du virus \u00e0 ses propri\u00e9t\u00e9s.<\/p>\n<p>Les chercheurs examinent particuli\u00e8rement les changements dans une prot\u00e9ine sp\u00e9cifique du virus, connu sous le nom de prot\u00e9ine de pointe. Cette prot\u00e9ine joue un r\u00f4le important car il permet au virus de se fixer aux cellules humaines et parce que c&rsquo;est une cible principale pour les vaccins et les th\u00e9rapies.<\/p>\n<p>Le syst\u00e8me de couverture obtient les donn\u00e9es pertinentes de la base de donn\u00e9es du g\u00e9nome du virus GISAid, qui est une initiative de partage de donn\u00e9es favorisant l&rsquo;\u00e9change rapide de donn\u00e9es sur des agents pathog\u00e8nes prioritaires tels que la grippe, le HCOV-19, le RSV, le HMPXV, le SARS-CoV-19 et les arbovirus tels que le chikungunya, le denton et le zika. En mars 2024, Gisiad avait plus de 16,5 millions de s\u00e9quences SARS-COV-2 disponibles.<\/p>\n<p>La couverture analyse les donn\u00e9es du g\u00e9nome SARS-COV-2 par pays d&rsquo;origine pour la dynamique des d\u00e9formations et les changements antig\u00e9niques. Une m\u00e9thode statistique est utilis\u00e9e pour d\u00e9terminer quelles souches virales ont consid\u00e9rablement modifi\u00e9 leur capacit\u00e9 d&rsquo;\u00e9chappement immunitaire. Cela implique de comparer les changements d&rsquo;acides amin\u00e9s se produisant \u00e0 travers la prot\u00e9ine de pointe des souches virales d&rsquo;un mois donn\u00e9. Les souches qui se distinguent clairement &#8211; IE, celles qui pr\u00e9sentent des changements nettement plus importantes que la moyenne &#8211; sont s\u00e9lectionn\u00e9es comme significativement modifi\u00e9es.<\/p>\n<p>Les souches virales visibles qui devraient se propager plus rapidement ou pour \u00eatre consid\u00e9rablement modifi\u00e9es en termes d&rsquo;immunit\u00e9 sont ensuite affich\u00e9es sur la plate-forme de couverture dans des graphiques sp\u00e9ciaux (\u00ab\u00a0cartes de chaleur\u00a0\u00bb) afin que les utilisateurs puissent voir en un coup d&rsquo;\u0153il o\u00f9 et o\u00f9 les changements majeurs dans le virus se produisent.<\/p>\n<p>Pour tester la fiabilit\u00e9 de la nouvelle m\u00e9thode d&rsquo;analyse, les chercheurs ont examin\u00e9 les donn\u00e9es de s\u00e9quence du g\u00e9nome \u00e0 partir de souches virales d\u00e9j\u00e0 connues pour \u00eatre des COV, y compris la variante omicron de SARS-COV-2. Le groupe de travail a constat\u00e9 que la nouvelle m\u00e9thode permettait \u00e0 des lignes virales d&rsquo;\u00eatre identifi\u00e9es r\u00e9trospectivement comme des COV jusqu&rsquo;\u00e0 trois mois avant la d\u00e9signation de l&rsquo;OMS.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Il \u00e9tait int\u00e9ressant de voir que les variantes de virus qui \u00e9taient \u00e9galement officiellement class\u00e9es comme importantes par l&rsquo;OMS ont montr\u00e9 des valeurs significativement plus \u00e9lev\u00e9es dans nos analyses que les autres variantes moins remarqu\u00e9es\u00a0\u00bb, explique McHardy. Les nombres ont augment\u00e9 dans un ordre clair: d&rsquo;abord pour les variantes qui ne sont surveill\u00e9es que (variantes sous surveillance, ou VAM), puis pour les variantes d&rsquo;int\u00e9r\u00eat (VOIS), et enfin, le plus fortement, pour les variantes de COV, qui sont consid\u00e9r\u00e9es comme particuli\u00e8rement inqui\u00e9tantes.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Dans l&rsquo;ensemble, ces r\u00e9sultats soulignent la capacit\u00e9 de notre m\u00e9thode \u00e0 pr\u00e9dire efficacement l&rsquo;\u00e9mergence de variantes SAR-COV-2 pertinentes \u00e0 la sant\u00e9 avec un avantage de croissance &#8211; bien avant d&rsquo;atteindre leur fr\u00e9quence maximale ou sont officiellement identifi\u00e9es par l&rsquo;OMS comme concernant\u00a0\u00bb, r\u00e9sume le bioinformaticien. \u00ab\u00a0Cela pourrait fournir un temps pr\u00e9cieux pour lancer une analyse approfondie requise pour les ajustements des vaccins ou prendre des mesures cibl\u00e9es pour prot\u00e9ger les groupes vuln\u00e9rables, par exemple.\u00a0\u00bb<\/p>\n<p>                                        <!-- print only --><\/p><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Depuis le d\u00e9but de la pand\u00e9mie SARS-COV-2, plusieurs variantes du virus se sont transform\u00e9es en<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":8044,"comment_status":"closed","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[86],"tags":[5053,16,2366,98,6046,49,923,1160,112,2367],"class_list":["post-8043","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-les-maladies","tag-basee","tag-des","tag-detection","tag-donnees","tag-lavance","tag-les","tag-mois","tag-sarscov2","tag-sur","tag-variantes","generate-columns","tablet-grid-50","mobile-grid-100","grid-parent","grid-50","resize-featured-image"],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v23.4 - 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