{"id":6704,"date":"2025-05-22T06:57:45","date_gmt":"2025-05-22T04:57:45","guid":{"rendered":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/le-cadre-propulse-par-lia-peut-predire-laptitude-evolutive-des-variantes-sars-cov-2\/"},"modified":"2025-05-22T06:57:46","modified_gmt":"2025-05-22T04:57:46","slug":"le-cadre-propulse-par-lia-peut-predire-laptitude-evolutive-des-variantes-sars-cov-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/le-cadre-propulse-par-lia-peut-predire-laptitude-evolutive-des-variantes-sars-cov-2\/","title":{"rendered":"Le cadre propuls\u00e9 par l’IA peut pr\u00e9dire l’aptitude \u00e9volutive des variantes SARS-COV-2"},"content":{"rendered":"
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Les maladies infectieuses virales posent des d\u00e9fis importants en raison de l’\u00e9volution rapide des virus par des mutations. Cela \u00e9tait particuli\u00e8rement \u00e9vident pendant la pand\u00e9mie Covid-19, lorsque des variantes \u00e9mergentes de SRAS-CoV-2 ont d\u00e9clench\u00e9 de nouvelles vagues d’infection. Ces variantes portent souvent des mutations qui les rendent plus transmissibles, ce qui leur permet de se propager rapidement \u00e0 travers les populations.<\/p>\n

Comprendre la \u00abforme physique\u00bb d’un virus – sa capacit\u00e9 \u00e0 se propager dans une population h\u00f4te – est devenue essentielle pour g\u00e9rer et anticiper les menaces virales. Bien qu’il existe des m\u00e9thodes pour \u00e9valuer la forme physique des variantes bas\u00e9es sur les mod\u00e8les de mutation, les mod\u00e8les statistiques qui consid\u00e8rent les interactions entre les mutations font d\u00e9faut.<\/p>\n

Pour relever ce d\u00e9fi, une \u00e9quipe de chercheurs dirig\u00e9e par le professeur agr\u00e9g\u00e9 Jullei Ito, dont le Dr Adam Strange et le professeur Kei Sato, de l’Institut des sciences m\u00e9dicales de l’Universit\u00e9 de Tokyo, au Japon, ont introduit CovFit, un nouveau cadre con\u00e7u pour pr\u00e9dire la forme physique des variantes SAR-COV-2. Leurs r\u00e9sultats apparaissent dans Communications de la nature<\/i>.<\/p>\n

CoVFit int\u00e8gre des donn\u00e9es mol\u00e9culaires avec des donn\u00e9es \u00e9pid\u00e9miologiques \u00e0 grande \u00e9chelle pour fournir un mod\u00e8le pr\u00e9dictif qui nous aide \u00e0 comprendre pourquoi certaines variantes r\u00e9ussissent tandis que d’autres ne le font pas. Ce cadre offre plus que le simple suivi de la propagation du virus; Il r\u00e9v\u00e8le les raisons sous-jacentes de son succ\u00e8s, ce qui en fait un outil puissant pour la surveillance et la r\u00e9ponse en temps r\u00e9el face aux \u00e9pid\u00e9mies virales en cours et futures.<\/p>\n

Le mod\u00e8le CoVFit a \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 \u00e0 travers une approche innovante qui combinait des donn\u00e9es mol\u00e9culaires et \u00e9pid\u00e9miologiques. L’\u00e9quipe s’est concentr\u00e9e sur les mutations de la (s) prot\u00e9ine des pointes, qui affectent la capacit\u00e9 du virus \u00e0 \u00e9chapper \u00e0 la protection immunitaire contre les infections ou les vaccinations pass\u00e9es, ainsi que les tendances au niveau de la population comme la pr\u00e9valence des variantes dans le temps et dans diff\u00e9rentes r\u00e9gions. En combinant ces informations, CovFit a \u00e9t\u00e9 form\u00e9 et test\u00e9 pour pr\u00e9dire le score de fitness d’une variante.<\/p>\n

Le Dr Ito explique: \u00ab\u00a0Nous avons d\u00e9velopp\u00e9 un mod\u00e8le d’intelligence artificielle (AI), CoVFit, qui pr\u00e9dit la forme physique des variantes SAR-COV-2 bas\u00e9es sur la s\u00e9quence de prot\u00e9ines S. en utilisant CoVFit, nous avons \u00e9lucid\u00e9 les mutations que SARS-CoV-2 a acquises pour am\u00e9liorer sa forme physique et \u00e9tendre de mani\u00e8re r\u00e9p\u00e9t\u00e9e sa propagation.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Le mod\u00e8le a d\u00e9montr\u00e9 une capacit\u00e9 impressionnante \u00e0 pr\u00e9dire l’impact \u00e9volutif des substitutions d’acides amin\u00e9s uniques dans le virus par une grande pr\u00e9cision, offrant des informations sur la fa\u00e7on dont le virus \u00e9volue et se propage.<\/p>\n

Le Dr Ito note \u00e9galement que \u00ab\u00a0CovFit devrait permettre la d\u00e9tection pr\u00e9coce de variantes \u00e0 haut risque avec un potentiel \u00e9lev\u00e9 de transmission g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9e, id\u00e9alement au point o\u00f9 une seule s\u00e9quence de la variante est enregistr\u00e9e dans une base de donn\u00e9es.\u00a0\u00bb<\/p>\n

L’\u00e9quipe a en outre d\u00e9velopp\u00e9 une approche prospective pour pr\u00e9voir l’\u00e9volution virale \u00e0 l’aide de CoVFit. Ils ont syst\u00e9matiquement g\u00e9n\u00e9r\u00e9 des variantes mutantes silico en introduisant toutes les substitutions possibles d’acides amin\u00e9s uniques dans une souche de r\u00e9f\u00e9rence et ont pr\u00e9dit l’aptitude de chacun. Cela a permis d’identifier les mutations avec une forte probabilit\u00e9 d’\u00e9merger dans les variantes futures.<\/p>\n

Lorsqu’elle est appliqu\u00e9e \u00e0 la lign\u00e9e omicron BA.2.86, CoVFit a pr\u00e9dit que les substitutions aux positions des prot\u00e9ines S 346, 455 et 456 am\u00e9lioreraient la forme virale. Remarquablement, ces mutations exactes ont \u00e9t\u00e9 observ\u00e9es plus tard dans les lign\u00e9es descendantes BA.2.86 – JN.1, KP.2 et KP.3 – qui se sont ensuite propag\u00e9es \u00e0 l’\u00e9chelle mondiale.<\/p>\n

Le Dr Ito conclut: \u00ab\u00a0Ces r\u00e9sultats soulignent la capacit\u00e9 de Covfit \u00e0 anticiper les changements \u00e9volutifs entra\u00een\u00e9s par des substitutions uniques d’acides amin\u00e9s.\u00a0\u00bb<\/p>\n

En conclusion, CoVFit repr\u00e9sente une perc\u00e9e majeure dans notre capacit\u00e9 \u00e0 pr\u00e9dire, interpr\u00e9ter et r\u00e9pondre \u00e0 l’\u00e9volution virale. En int\u00e9grant la biologie mol\u00e9culaire aux donn\u00e9es au niveau de la population via l’IA, il fournit une approche flexible, transparente et opportune de la pr\u00e9paration pand\u00e9mique. Alors que les virus continuent d’\u00e9voluer, des outils comme CoVFit joueront un r\u00f4le essentiel en guidant les r\u00e9ponses de sant\u00e9 publique proactives et \u00e9clair\u00e9es dans le monde entier.<\/p>\n

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