{"id":4706,"date":"2025-03-01T21:56:13","date_gmt":"2025-03-01T20:56:13","guid":{"rendered":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/diagnostic-daide-aux-empreintes-digitales-immunitaires-des-maladies-complexes\/"},"modified":"2025-03-01T21:56:14","modified_gmt":"2025-03-01T20:56:14","slug":"diagnostic-daide-aux-empreintes-digitales-immunitaires-des-maladies-complexes","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/rvh-synergie.org\/actualites\/diagnostic-daide-aux-empreintes-digitales-immunitaires-des-maladies-complexes\/","title":{"rendered":"Diagnostic d’aide aux \u00abempreintes digitales\u00bb immunitaires des maladies complexes"},"content":{"rendered":"
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Votre syst\u00e8me immunitaire abrite la vie d’une vie d’informations sur les menaces qu’elle a rencontr\u00e9es – un Rolodex biologique de m\u00e9chants. Souvent, les auteurs sont des virus et des bact\u00e9ries que vous avez conquises; D’autres sont des agents d’infiltration comme les vaccins donn\u00e9s pour d\u00e9clencher des r\u00e9ponses immunitaires protectrices ou m\u00eame des harengs rouges sous la forme de tissus sains captur\u00e9s dans des feux crois\u00e9s immunologiques.<\/p>\n

D\u00e9sormais, les chercheurs de Stanford Medicine ont con\u00e7u un moyen d’exploiter cette riche base de donn\u00e9es interne pour diagnostiquer des maladies aussi diverses que les r\u00e9ponses du diab\u00e8te Covid-19 aux vaccins contre la grippe. Bien qu’ils envisagent l’approche comme un moyen de d\u00e9pister simultan\u00e9ment pour plusieurs maladies, la technique bas\u00e9e sur l’apprentissage en machine peut \u00e9galement \u00eatre optimis\u00e9e pour d\u00e9tecter les maladies auto-immunes complexes et difficiles \u00e0 diagnostic telles que le lupus.<\/p>\n

Dans une \u00e9tude de pr\u00e8s de 600 personnes – une bonne sant\u00e9, d’autres personnes atteintes d’infections, y compris les maladies Covid-19 ou auto-immunes, notamment le lupus et le diab\u00e8te de type 1 – l’algorithme d\u00e9velopp\u00e9 par les chercheurs, appel\u00e9e mal-ID pour l’apprentissage automatique pour le diagnostic et les structures des r\u00e9cepteurs des cellules B et T.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Les bo\u00eetes \u00e0 outils de diagnostic que nous utilisons aujourd’hui n’utilisent pas beaucoup le dossier interne du syst\u00e8me immunitaire des maladies qu’il a rencontr\u00e9es\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 le boursier postdoctoral Maxim Zaslavsky, Ph.D. \u00ab\u00a0Mais notre syst\u00e8me immunitaire examine constamment notre corps avec des cellules B et T, qui agissent comme des capteurs de menace mol\u00e9culaire.<\/p>\n

\u00ab\u00a0La combinaison des informations des deux bras principaux du syst\u00e8me immunitaire nous donne une image plus compl\u00e8te de la r\u00e9ponse du syst\u00e8me immunitaire \u00e0 la maladie et des voies de l’auto-immunit\u00e9 et de la r\u00e9ponse vaccinale.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Zaslavsky et Erin Craig sont les principaux auteurs de l’\u00e9tude publi\u00e9e le 21 f\u00e9vrier Science<\/i>. Professeur de pathologie Scott Boyd, MD, Ph.D., et professeur agr\u00e9g\u00e9 de g\u00e9n\u00e9tique et informatique Anshul Kundaje, Ph.D., sont les auteurs principaux de la recherche.<\/p>\n

En plus d’aider le diagnostic de maladies d\u00e9licates, MAL-ID pourrait suivre les r\u00e9ponses aux immunoth\u00e9rapies contre le cancer et sous-cat\u00e9goriser les \u00e9tats pathologiques d’une mani\u00e8re qui pourrait aider \u00e0 guider la prise de d\u00e9cision clinique, croient les chercheurs.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Plusieurs des conditions que nous recherchions pourraient \u00eatre significativement diff\u00e9rentes \u00e0 un niveau biologique ou mol\u00e9culaire, mais nous les d\u00e9crivons avec de larges termes qui ne tiennent pas n\u00e9cessairement \u00e0 la r\u00e9ponse sp\u00e9cialis\u00e9e du syst\u00e8me immunitaire\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Boyd, qui codirige le Sean N. Parker Center for Allergy and Asthma Research.<\/p>\n

\u00ab\u00a0MAL-ID pourrait nous aider \u00e0 identifier les sous-cat\u00e9gories de conditions particuli\u00e8res qui pourraient nous donner des indices sur le type de traitement serait le plus utile pour l’\u00e9tat pathologique de quelqu’un.\u00a0\u00bb<\/p>\n

D\u00e9chiffrer le langage des prot\u00e9ines<\/h2>\n

Dans une approche de suivi des points, les scientifiques ont utilis\u00e9 des techniques d’apprentissage automatique bas\u00e9es sur des mod\u00e8les de langage importants ceux qui sous-tendent le chat de la maison sur les r\u00e9cepteurs de reconnaissance des menaces sur les cellules immunitaires appel\u00e9es cellules T et les extr\u00e9mit\u00e9s commerciales des anticorps (\u00e9galement appel\u00e9s r\u00e9cepteurs) fabriqu\u00e9s par un autre type de cellule immunitaire appel\u00e9e cellules B.<\/p>\n

Ces mod\u00e8les de langue recherchent des mod\u00e8les dans de grands ensembles de donn\u00e9es comme les textes des livres et des sites Web. Avec suffisamment de formation, ils peuvent utiliser ces mod\u00e8les pour pr\u00e9dire le mot suivant d’une phrase, entre autres t\u00e2ches.<\/p>\n

Dans le cas de cette \u00e9tude, les scientifiques ont appliqu\u00e9 un mod\u00e8le grand langage form\u00e9 sur des prot\u00e9ines, nourri du mod\u00e8le des millions de s\u00e9quences de r\u00e9cepteurs B et T des cellules T, et l’ont utilis\u00e9 pour regrouper les r\u00e9cepteurs qui partagent les caract\u00e9ristiques cl\u00e9s – comme d\u00e9termin\u00e9 par le mod\u00e8le – qui pourraient sugg\u00e9rer des pr\u00e9f\u00e9rences de liaison similaires.<\/p>\n

Cela pourrait donner un aper\u00e7u de ce que les d\u00e9clencheurs ont provoqu\u00e9 la mobilisation du syst\u00e8me immunitaire d’une personne – r\u00e9duisant une arm\u00e9e de cellules T, de cellules B et d’autres cellules immunitaires \u00e9quip\u00e9es pour attaquer les menaces r\u00e9elles et per\u00e7ues.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Les s\u00e9quences de ces r\u00e9cepteurs immunitaires sont tr\u00e8s variables\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Zaslavsky. \u00ab\u00a0Cette variabilit\u00e9 aide le syst\u00e8me immunitaire \u00e0 d\u00e9tecter pratiquement tout, mais nous rend \u00e9galement plus difficile d’interpr\u00e9ter ce que ces cellules immunitaires ciblent.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Dans cette \u00e9tude, nous avons demand\u00e9 si nous pouvions d\u00e9coder le dossier du syst\u00e8me immunitaire de ces rencontres de maladies en interpr\u00e9tant ces informations tr\u00e8s variables avec de nouvelles techniques d’apprentissage automatique. Cette id\u00e9e n’est pas nouvelle, mais nous avons manqu\u00e9 un moyen robuste de capturer les mod\u00e8les de ces s\u00e9quences de r\u00e9cepteurs immunitaires qui indiquent \u00e0 quoi le syst\u00e8me immunitaire r\u00e9pond.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Les cellules B et les cellules T repr\u00e9sentent deux bras s\u00e9par\u00e9s du syst\u00e8me immunitaire, mais la fa\u00e7on dont ils font des prot\u00e9ines qui reconnaissent les agents ou les cellules infectieux qui doivent \u00eatre \u00e9limin\u00e9s est similaire. En bref, des segments sp\u00e9cifiques d’ADN dans les g\u00e9nomes des cellules sont m\u00e9lang\u00e9s au hasard et appari\u00e9s – parfois avec un pincement suppl\u00e9mentaire de mutations suppl\u00e9mentaires pour pimenter les choses – pour cr\u00e9er des r\u00e9gions codantes qui, lorsque les structures prot\u00e9iques sont assembl\u00e9es, peuvent g\u00e9n\u00e9rer des trillions de cellules T).<\/p>\n

L’al\u00e9atoire de ce processus signifie que ces anticorps ou r\u00e9cepteurs des cellules T ne sont pas con\u00e7us pour reconna\u00eetre des mol\u00e9cules sp\u00e9cifiques \u00e0 la surface des envahisseurs. Mais leur diversit\u00e9 vertigineuse garantit qu’au moins quelques-uns se lieront \u00e0 presque toutes les structures \u00e9trang\u00e8res. (L’auto-immunit\u00e9, ou une attaque par le syst\u00e8me immunitaire sur les propres tissus du corps, est g\u00e9n\u00e9ralement – mais pas toujours – l’emprise par un processus de conditionnement, les cellules T et B passent t\u00f4t dans le d\u00e9veloppement qui \u00e9limine les cellules probl\u00e9matiques.)<\/p>\n

L’acte de liaison stimule la cellule pour en faire beaucoup plus pour monter une attaque \u00e0 grande \u00e9chelle; La pr\u00e9valence accrue subs\u00e9quente de cellules avec des r\u00e9cepteurs qui correspondent aux structures tridimensionnelles similaires fournit une empreinte digitale biologique des maladies ou des conditions que le syst\u00e8me immunitaire a cibl\u00e9.<\/p>\n

Pour tester leur th\u00e9orie, les chercheurs ont assembl\u00e9 un ensemble de donn\u00e9es de plus de 16 millions de s\u00e9quences de r\u00e9cepteurs des cellules B et de plus de 25 millions de s\u00e9quences de r\u00e9cepteurs des cellules T de 593 personnes avec l’un des six \u00e9tats immunitaires diff\u00e9rents: des contr\u00f4les sains, des personnes infect\u00e9es par le SARS-CoV-2 (le virus qui provoque le Covid-19) ou par le VIH, les personnes qui ont r\u00e9cemment re\u00e7u une influenza et des personnes atteintes de LUP ou de Type maladies). Zaslavsky et ses coll\u00e8gues ont ensuite utilis\u00e9 leur approche d’apprentissage automatique pour rechercher des points communs entre les personnes ayant la m\u00eame condition.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Nous avons compar\u00e9 les fr\u00e9quences d’utilisation des segments, les s\u00e9quences d’acides amin\u00e9s des prot\u00e9ines r\u00e9sultantes et la fa\u00e7on dont le mod\u00e8le repr\u00e9sentait le\u00a0\u00bb langage \u00ab\u00a0des r\u00e9cepteurs, entre autres caract\u00e9ristiques\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Boyd.<\/p>\n

T et b cellules ensemble<\/h2>\n

Les chercheurs ont constat\u00e9 que les s\u00e9quences des r\u00e9cepteurs des cellules T fournissaient les informations les plus pertinentes sur le lupus et le diab\u00e8te de type 1 tandis que les s\u00e9quences des r\u00e9cepteurs des cellules B \u00e9taient les plus informatives dans l’identification de l’infection par le VIH ou le SAR-COV-2 ou la vaccination r\u00e9cente de la grippe. Dans tous les cas, cependant, la combinaison des r\u00e9sultats des cellules T et B a augment\u00e9 la capacit\u00e9 de l’algorithme \u00e0 cat\u00e9goriser avec pr\u00e9cision les personnes par leur \u00e9tat de maladie, ind\u00e9pendamment du sexe, de l’\u00e2ge ou de la race.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Les approches traditionnelles ont parfois du mal \u00e0 trouver des groupes de r\u00e9cepteurs qui semblent diff\u00e9rents mais reconnaissent les m\u00eames cibles\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Zaslavsky. \u00ab\u00a0Mais c’est l\u00e0 que les mod\u00e8les de grande langue excellent. Ils peuvent apprendre la grammaire et les indices sp\u00e9cifiques au contexte du syst\u00e8me immunitaire tout comme ils ont ma\u00eetris\u00e9 la grammaire et le contexte anglais. De cette mani\u00e8re, MAL-ID peut g\u00e9n\u00e9rer une compr\u00e9hension interne de ces s\u00e9quences qui nous donnent des informations que nous n’avons pas eues auparavant.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Bien que les chercheurs aient d\u00e9velopp\u00e9 un MAL-ID sur seulement six \u00e9tats immunologiques, ils envisagent que l’algorithme pourrait rapidement \u00eatre adapt\u00e9 pour identifier les signatures immunologiques sp\u00e9cifiques \u00e0 de nombreuses autres maladies et conditions. Ils sont particuli\u00e8rement int\u00e9ress\u00e9s par les maladies auto-immunes comme le lupus, qui peut \u00eatre difficile \u00e0 diagnostiquer et \u00e0 traiter efficacement.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Les patients peuvent avoir du mal pendant des ann\u00e9es avant qu’ils ne re\u00e7oivent un diagnostic, et m\u00eame alors, les noms que nous donnons \u00e0 ces maladies sont comme des termes parapluies qui n\u00e9gligent la diversit\u00e9 biologique derri\u00e8re les maladies complexes\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Zaslavsky. \u00ab\u00a0Si nous pouvons utiliser le MAL-ID pour d\u00e9m\u00ealer l’h\u00e9t\u00e9rog\u00e9n\u00e9it\u00e9 derri\u00e8re le lupus, ou la polyarthrite rhumato\u00efde, ce serait tr\u00e8s cliniquement percutant.\u00a0\u00bb<\/p>\n

MAL-ID peut \u00e9galement aider les chercheurs \u00e0 identifier de nouvelles cibles th\u00e9rapeutiques pour de nombreuses conditions.<\/p>\n

\u00ab\u00a0La beaut\u00e9 de cette approche est qu’elle fonctionne m\u00eame si nous ne savons pas au d\u00e9but quelles mol\u00e9cules ou structures que le syst\u00e8me immunitaire cible\u00a0\u00bb, a d\u00e9clar\u00e9 Boyd. \u00ab\u00a0Nous pouvons toujours obtenir les informations simplement en voyant des mod\u00e8les similaires dans la fa\u00e7on dont les gens r\u00e9agissent. Et, en approfondissant ces r\u00e9ponses, nous pouvons d\u00e9couvrir de nouvelles directions pour la recherche et les th\u00e9rapies.\u00a0\u00bb<\/p>\n

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Depuis plus de dix ans, j'explore et rapporte les histoires poignantes des individus confront\u00e9s \u00e0 ces d\u00e9fis, tout en sensibilisant le public aux traitements novateurs et aux progr\u00e8s scientifiques dans ce domaine. 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